تاریخ شهرِ مشهد گام‌به‌گام از دورهٔ صفوی آغاز می‌شود و تاریخ منطقه‌اش، پیشتر با ولایت‌های طوس و نیشابور و به‌طور ویژه با حرم امام رضا وابسته است.

یکی از بخش‌های مورد توجه از پیش از اسلام برای سکونت در خراسان، حوضهٔ رودخانهٔ کشف‌رود بخاطر شرایط مناسب طبیعی اش میباشد.

توس حوضه آبریز و بستر رودخانه کشف رود بوده و از برکت آن رود، آبادی‌های فراوانی در پهنه دشت طوس ایجاد شده است؛ و احتمالاً به پشتوانه همان آبادی‌ها که خاستگاه رویدادها و وقایع مهمی بوده‌اند، کشف رود پدیده‌ای اسطوره‌ای و مطرح در تاریخ روایی ایران بوده و در شاهنامه فردوسی، بارها از آن، نام برده شده است.

افزون بر این در چند کیلومتری مشهد، سنگ نگاره‌ای است با نقش حیوانات و انسان‌های شکارچی که قدمت آن نقش‌ها به دوران نوسنگی می‌رسد. از سویی وجود تپه نادری در جنوب شهر موید زیستگاهی از هزاره پنجم پیش از میلاد است که پیشرفت و تکامل فرهنگی این منطقه را نشان می‌دهد.

همچنین تپه‌ای به عنوان الگوی زیستگاهی از هزاره سوم در این فهرست قرار دارد. از هزاره اول پیش از میلاد چهار محوطه در مشهد توسط باستان شناسان شناسایی شده که حضور اقوام جدید با دیدگاه‌های متفاوت را در این منطقه نشان می‌دهد.

بنابر شواهد در آغاز دوران تاریخی ناحیه مشهد رونق و آبادانی خود را داشته و به دلیل اقامت بلندمدت پارتها در شمال خراسان  استقلال نسبی آن اقوام، طی بررسی آثار باستانی خراسان تاکنون سه محوطه در اطراف این شهر شناسایی شده است.